森田疗法的治疗分为：住院治疗和门诊治疗。
一、住院治疗。在确定依断和适应症以后，要身病人讲明病的性质，并将有关神经质心理病理学说介绍给他们，告诉他们没有严重疾病，以消除他们不必要的担心的顾虑。住院治疗过程分为四个时期：
1.绝对卧床期。一般为4—7天。病人独居一室，除了吃饭，人厕外，其余时间不得下床活动，禁止会客、谈话、吸烟、读书、写字等等。在此期间，病人自然会出现各种想法，尤其是对病的各种烦恼和苦闷，因而可能使病痛暂时加剧和难以忍受，对治疗表示怀疑，少数病人甚至要求中止治疗而出院，当病人把所有烦恼的事情都想过之后，就没有什么可以再想的了，就会感到无聊。所以，第一期又称无聊期。此后，病人自然要求下床做些什么，便进入第二期。
2.轻工作期。4—7天。仍然禁止读书、交际，每天卧床时间保持7—8小时，白天可以到户外活动。如在室外可做些诸如扫院子、擦玻璃等简单、单调的劳动，在室内可进行书法、绘画、糊纸袋等活动。一般从第3天开始，可逐渐放宽对患者工作量的限制，并要求患者开始写日记，不许写关于病的问题，只写一天干了些什么、有什么体会，施治者每天检查日记并加评语，引导病人避开对病的注意，关心外界活动。
3.重工作期。一般为4—7天。继续禁止会客、娱乐，参加较重的体力劳动，如除草、帮厨、清理环境卫生、做家务、木工活、工艺劳动等。在这一阶段，病人可以读书，主要是森田写的关于神经症学说的书，还可
阅讯历史、传记、科普读物等，每晚要求患者记治疗日记。患者在医院里和其他病人一起劳动，互相不谈自己的病。此阶段的目的在于，通过努力工作，使患者体验完成工作后的喜悦，培养忍耐力。在这之中学会对症状置之不理，进一步将精神活动能量转向外部世界。
4.生活锻炼期，又称回归社会准备期。一般为1—2周。
此期为患者出院做准备，要指导患者回归原社会环境，恢复原社会角色。此期根据患者的具体情况，允许他白天回到原来单位，或在医院参与某些管理工作等较复杂的社会活动。无论参加何种活动，都要求每晚仍回病房，并坚持记日记。其目的是使患者在工作、人际交往及社会实践中进一步体验顺应自然的原则，为回归社会做好准备。
以上各期的情况，是对一般治疗情况的描述，对每个具体患者而言，还要根据其情况来决定治疗的进程。治疗周期会因此长短不一，时间短的约三周即可，长的则可能需要60—70天，平均周期一般为40—50天。 二、门诊治疗
门诊治疗主要通过施治者与患者一对一的交谈方式进行，一般一周一次或两次.
森田疗法的门诊治疗不以倾听患者叙述烦恼和解释种种疑问为主，而主要是通过患者记录的每天生活内容和感受的日记，用恰当的评语进行指导，对于病人的日记，医生三天或一周（不能像住院患者那样每天进行）给予一次指导。医生在日记的空白处用红笔批上简单的话，重点的地方划上线。门诊治疗没有一定的规定，每次门诊时间不宜太长，一般不超过1小时。疗程长短因人而异，一般1～2个月或更长一些。当然，也有个别病人仅仅经过3～4次门诊治疗就基本痊愈的。  门诊治疗的要点：
（1）进行详细的体格检查，以排除严重躯体病的可能，消除患者的顾虑；
（2）指导患者接受症状，而不要试图排斥它；
（3）嘱咐患者不向亲友谈症状，也嘱咐亲友们不听、不答复他们的病诉。