为避免病虫害和杂草的感染、滋生、为害，提高成活率，培养土最好要经过消毒，特别是在扦插繁殖的时候，更需要消毒，以免病菌从切口侵入插条体内，造成插条腐烂。珍珠岩和蛭石经过高温已不带菌了；河沙一般也较清洁，稍经冲洗即可；泥炭也不含病菌孢子和虫卵，而腐叶土、园土、堆肥土等则常含有一些为害花卉的病菌和虫卵，还有一些线虫，需要把它们杀死。土壤消毒的程度是尽可能保存有益的微生物，杀灭有害的微生物和害虫，同时杀死杂草种子。常用的土壤消毒方法有：
第一是烧土消毒，即把土壤放在铁锅或铁板上烧火翻炒。此方法简单易行，安全可靠，但只适合少量的土壤消毒之用。一般在80摄氏度下历时30分钟即可把有害的微生物杀死，如果时间过长，会把有益的微生物也杀死。
第二是蒸气消毒，就是利用放出的蒸汽的热来进行消毒。此方法效果最好，也可靠。在温度达100摄氏度后保持10分钟就可达到消毒的目的。少量的土壤还可以放在蒸锅内蒸2个小时即可达到目的。还可以用高压锅来进行消毒。
第三是药物处理，就是利用药物来对土壤进行消毒。常用的药物有福尔马林、溴化甲醇和三氯硝基甲烷。消毒的方法是：把药物用水稀释（浓度请看药瓶上的说明书），喷在土上，再混拌均匀，然后用塑料薄膜盖住泥土，数天后去掉薄膜，散开泥土，并多次翻动，约1周时间可让药物气体充分挥发完全不留残余。若土中残留有药物，会使植株产生药害。