依据《房地产法》的规定，本案有下列违法行为：
1.由佳兴房地产开发公司与城市规划部门签订土地使用权出让合同是违法的。因为《房地产法》规定，土地使用权出让合同应当按照平等、自愿、有偿的原则，由县、市人民政府土地管理部门与土地使用者之间签订。而本案当中，不是由某市人民政府土地管理部门与佳兴房地产开发公司签订土地使用权出让合同，而是由城市规划部门与之签订，所以不符合《房地产法》的规定。
2.土地使用权出让的期限违法。《房地产法》规定：居住用地的最高年限是70年。本案当中，佳兴房地产开发公司是以房屋住宅开发建设取得土地使用权的，而在土地使用权出让合同中约定其土地使用权出让的年限为90年，超出了法律规定的年限，因而是违法的。
3.佳兴房地产开发公司动工开发期限违反了《房地产法》的规定。因为《房地产法》规定，以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照出让合同约定的用途、动工开发期限开发土地。超出出让合同约定的动工开发日期满一年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费，满两年未动工开放的，可以无偿收回土地使用权。但因不可抗力，或政府有关部门的行为，或动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的除外。本案当中，土地使用权出让合同中约定动工开发的日期为1998年6月6日，而实际动工日期为1999年8月8日，超过一年不满两年，并且动工开发迟延的原因是因为资金不到位，所以佳兴房地产开发公司违反了《房地产法》的有关规定，应依法缴纳8000万元土地出让金的20%以下的土地闲置费。