一般来说，第n次PCR循环的荧光信号强度（Rn）等于背景信号强度（RB）加上每个分子的荧光强度（即单位荧光强度RS与分子数目的乘积），用数学式表示如下：Rn=RB+XO（1+Ex）nRs式中：Rn代表荧光信号强度；RB代表背景信号强度；Xo代表起始模板拷贝数；Ex代表扩增效率；Rs代表单位荧光强度；N代表循环次数。
对每一个特定的PCR反应来说，Ex、RT、RB、和Rs都是常数，所发Ct值与lgXo成反比，也就是说，Ct值与起始模板DNA的拷贝数（Xo）的对数成反比，起始DNA浓度每增一倍，Ct值减小一个循环。因此，Ct值的引入确保了实时荧光PCR定量的精确和严格。