主要用途：
①人类基因遗传图谱的制作。
②目的基因筛选和基因诊断。通常目的基因若与STR位点有连锁关系，则其位置与STR位点邻近，故通过对STR附近区域克隆测序 就可能发现目的基因。通过家系和对照研究，运用连锁和相关分析，可以找到与疾病高度相关的STR位点。
③法医学个体识别和亲权鉴定。法医案例中，对于量极少和降解严重的生物检材，通过PCR进行STR位点扩增并将几个STR 位点联合起来分析，可得到相当高的累积个体识别率和父权排除率。因而STR用于法医学领域有着广阔的前景，为司法侦案、破案提供有利的科学依据。