⑴.引起突变 转位可能引起多种基因突变。当转位因子插入一个基因内部，会引起这个基因的插入失活；当插入多顺反子前端的基因中时，可引起下游的所有基因停止转录，因为转位因子中含ρ依赖的转录终止信号；当插入染色体或质粒中时，常引起缺失和倒位突变。
⑵.引入新的基因 在插入位点上引入新的基因，如含有抗药基因R质粒的转位因子，转位到染色体中时，可在该部位出现抗药性基因。若将带有Amp+R质粒的细菌与不含R质粒的带有Kan+转座子的细菌进行接合，结果产生了Amp+ Kan+的细菌，并且能够在含有氨苄青霉素及卡那霉素的培养板上生长。经过转位作用，在这种细菌内产生Amp+及Kan+的质粒，经过再次接合作用，即可产生含Amp+ Kan+R质粒细菌。
⑶.引起生物进化 基因重排经常发生，转座作用是基因重排的重要机理之一，如通过转座，可将两个本来相隔遥远的基因靠拢，从而进行协调的控制作用，这两段基因顺序经过转座作用连接在一起有可能在进化过程中产生新的蛋白质。