科学性原则：要求指标的选择、设计以及概念、定义、计算方法等必须遵循可持续发展的基本理论、经济学理论以及统计学理论，指标名称和定义的确定应有科学依据。同时，对指标的分类、诠释与计算方法应充分注意科学性、真实性以及规范性。在选择那些稳定性强、相关性好的指标时，应注意既要能反映区域复合系统结构和功能的目前状态，又要冷表征其动态发展变化。
整体性原则：指标体系中既要包括能反映环境、经济、社会、资源、人口、能力建设等多个子系统状况的指标，又要含有能反映各系统组成的整体指标，以便相对完备地做到较全面地反映和测度区域的基本发展特征和状况。
可比性原则：尽量采用现有的国际通用名称、概念及计算方法，能量化的指标应尽可能定量表述，以提高其在时间上和空间上的可比性。
正交性原则：为了在众多而庞杂的指标之间避免内涵和信息的重叠现象，应尽可能选择那些独立性较好的指标，努力使各指标之间保持相对的正交性，以便提高测度的准确性和合理性。
区域性原则：充分考虑到各区域间自然条件、经济发达程度、历史文化差异、发展目标的不同特点，以便确保所筛选出的指标可准确反映该区的情况。
可操作性原则：可持续发展所涉及的内容极其广泛，为了提高指标体系的可操作性，既要考虑不过分消耗人力、物力、财力，又要顾及能简便易行的获得所需的资料数据。为此，只能将那些与区域发展战略目标密切相关的关键指标纳入指标体系。
指标体系的建立，可直接为可持续发展水平的评价服务。评价的基本程序一般为：确定评价对象和内容-系统要素分析-确定评价目标和范围-建立评价指标体系-选择评价标准-系统综合评价-可持续发展判别-可持续发展调控对策。