污染物进入水体后通过复杂的物理，化学，生物等方面的作用，使污染物的浓度逐渐降低，经过一段时间后，水体将恢复到受污染前的状态，这一现象就成为水体自净。自然界的各种水体都有一定的自净能力，使受污染的水体部分或完全恢复到原来的状态。
水体的净化作用按其净化机制可分为三类：物理净化，只改变物理性状，空间位置，而不改变其化学性质，不参与生物作用。化学净化，污染物在水体以简单的离子或分子状态迁移，并发生化学性质，状态，价态上的转化，使水质发生化学化学性质的变化，不参与生物作用。生物净化是污染物在生物的新陈代谢过程中通过生物的吸收，降解作用使污染物浓度及毒性减弱以致消失。三个过程是同时发生，相互影响并交织进行的。