同源突变近交系指两个近交系除了一个指明位点，等位基因不同外，其它遗传基因全部相同的品系。是某个近交系在基因位点上发生突变而分离出来的近交系的亚系。它和原近交的差异只是发生突变的基因位点上带有不同的基因，而其它位点上的基因完全相同。同源突变近交系有别于通常所说的近交系亚系分化，因突变是改变了原近交系的遗传组成。