（1）引起近交衰退。亲缘接近的交配产生的后代常常出现生长、成活、抗病等低下。
（2）增加纯合性，降低杂合性。近交系动物系通过长期近亲配繁殖而建立的，动物的杂合性逐渐降低，纯度逐渐增高，基因位点变为纯合子。
（3）可将群体分离为不同基因型的品系。近交动物获得使基因由杂合形成纯合，从而提高了基因稳定性，通过近交可以获得想要的品系。