尽管国内对于湖泊保护治理取得了不少成果，但是却没有形成一个系统的湖泊保护治理模式。目前，国内湖泊治理条块分割对湖泊水环境管理仍停留在“见污就治”的水平上，以湖泊本身作为治理主体，采用工程措施作为主要治理手段。在这种模式下使得湖泊的水环境治理仍然存在以下一些问题水体富营养化较重，蓝藻暴发率很高，沿江农业生产及生活污染对湖泊水系环境压力增大，湖泊生态环境破坏严重，湖泊流域内淤积严重，功能日益姜缩。
究其原因，一是对湖泊水体水环境特征缺乏系统深人的研究湖泊流域自然-人工过程对水环境影响的响应关系没有建立；二是水污染控制技术和水体净化与水生态修复技术还不成熟三是对于湖泊保护治理还没有形成湖泊流域的水环境技术管理体系四是环境监管能力不足，管理体制不顺。
在这种状态下，即使水污染治理投人不断加大，也很难从根本上扭转流域水环境恶化的趋势。另外，湖泊流域水循环及伴生水化学、水生态与水沙整体模拟与调控、水水质联合评价和调控、湖泊生态完整性评价等方面的研究还处于起步阶段，因此湖泊保护治理效果不显著，也使得目前国内湖泊保护总的形势与当前国内环境形势一样局部好转，总体仍在恶化。
湖泊保护治理应以湖泊流域水循环及伴生的水化学、水生态与水沙整体模拟与调控为基本支撑。从污染源产生人手，根据自然水循环和社会水循环中污染源的迁移转化机理，结合防止污染物入湖的阻断措施和湖泊水体的水力调度调控措施，形成以水循环为基础的湖泊保护治理的基本模式。即湖泊保护治理应以二元水循环为基础研究污染物的迁移转化机理，系统考虑湖泊流域污染物控制、入湖污染物的阻断和水力调度控制系统，形成相关保障措施。