1）GIS与水文的专业性结合还不够强；
2）GIS系统的多样化与统一标准之间存在着矛盾；
未来的发展方向：
1）进一步研究探讨GIS与RS、GPS相结合进行水资源评价管理，建立水资源管理专家系统。实现数据库的快速更新并在分析决策模型支持下，快速完成多维、多元复合分析，为水文学研究和水资源管理工作提供更先进的技术手段。
2）传统的GIS在表示复杂的地理要素，如真三维空间模型、时空模型及综合空间分析方法等方面还存在着难以克服的问题。因此，需要开发能实现三维和四维空间分析和显示的软件用于水文模拟和水资源管理。
3）随着GIS的不断发展及其在水资源管理方面的应用，将GIS、人工智能（AI）、专家系统（ES）、模拟等技术有机地结合，实现水资源系统的科学化和现代化，将在未来的水文学和水资源管理领域得到广泛应用。
4）加强GIS应用规范和标准的研究。