（1）一元静态认知模式：数据还原失真，法无法反映人类活动对天然循环的剧烈扰动，主要难以全面考虑下垫面变化对于水资源形成与演化的影响。
（2）集总式评价：忽略了分区内水文参数和自然地理条件的空间差异；
（3）单一评价口径：没有评价非径流性水资源，如植被、作物等生态系统对雨水形成的土壤水资源的就地直接利用量以及植被截留量，也没有区分节水中的无效蒸发与渗漏补给等循环利用部分，难以全面反映水资源的多元有效性。
（4）时间尺度局限：多以年系列、多年平均值来反映水资源量的变化情况，而缺乏较长系列的月以及日变化过程，难以满足水资源规划需求。
（5）分离式评价：地表水地下水分离评价；水量水质单独评价；水资源与开发利用分离评价。