（一）显微注射法
（1）利用注射仪把外源DNA直接注入动物卵母细胞、受精卵、早期胚胎、胚胎干细胞、或体细胞的转基因方法。
（2）优点：可准确导入外源基因，转化频率高，鱼体内可达20%，不需载体，直接获得纯系，实验时间短。
（3）缺点：仪器贵重，操作繁琐耗时，一次处理卵很少。
（二）电穿孔转化法
（1）利用高压电脉冲作用，使细胞膜上产生可逆的瞬间通道，从而促进外源DNA的有效导入。电穿孔转化法的效率受电场强度、电脉冲时间和外源DNA浓度等参数的影响。
（2）优点：操作简单，同时处理大量受精卵。
（3）缺点：导入是随机的、无定向的，转移率低。
（三）精子介导法
（1）精子同外源DNA共浴后再给卵子受精，使外源DNA通过受精过程进入受精卵并整合于受体的基因组中。
（2）优点：简便，成本低，便于大量筛选，是近几年转基因动物研究的热点。
（3）缺点：处理后精子的受精能力差异较大、阳性率低、转移不稳定。
（四）基因枪转化法
（1）又称微弹轰击转化法，以高压气体为动力，利用高速运行的金属颗粒轰击细胞，将包裹在金属颗粒表面的外源DNA分子随金属颗粒送入细胞的转化方法。
（2）优点：该法简单快速，接触面积大、转化率高，可同时处理多个个体。
（3）缺点：不稳定，表达方面存在问题。
（五）病毒（噬菌体）颗粒转导法
用病毒（噬菌体）DNA（或RT-DNA）构建的克隆载体或携带目的基因的克隆体，在体外包装成病毒（噬菌体）颗粒后，感染受体细胞，使其携带的重组DNA进入受体细胞。
转基因病毒具严格的宿主特异性，且鱼类转基因病毒的分析手段非常落后，此法对鱼类暂不适应。
（六）组织注射法
将外源基因直接向机体组织注射，周围组织能将外源基因纳入，并且注入的外源基因能被整合。