都是通过获得优良基因对目标动、植物进行遗传改良。但在基因转移的范围和效率上有差别：
（1）传统育种技术是在生物个体水平上进行，操作的对象是整个基因组，所转移的是大量的基因，不可能准确地对某个基因进行操作和选择，对后代的预见性差，选出优良性状的概率差。所需时间长，要经过数代不断选种和繁育，数年或几十年才能育成一个优良的品种。转基因技术所操作和转移的一般是明确的基因，功能清楚，目的基因被转移到受本后其表现可预测，并在短期内表现出人类所期望的遗传性状。
（2）传统育种技术是只能在种内个体间实现基因转移，血缘关系较远的生物间通过传统的杂交进行基因转移的难度非常大。转基因技术所转移的基因不受生物体间亲缘关系的限制，可有效地避免种间、属间甚至动植物间物种杂交的不亲和，打破了自然繁殖中的种间隔离。通过对动、植物基因组的定向改造，使基因能在种系关系较远的机体间流动，大大提高了动、植物品种改良的效率。