转录的起始是RNA聚合酶识别启动子并与之结合从而启动RNA合成的过程。转录的起始过程十分复杂，特别是真核生物，需要多种辅助因子参与。也就是多蛋白作用于真核生物转录。
在真核生物的转录过程中设计三种聚合酶，分别是I、II、III。
在类型I基因启动子负责rRNA前体基因转录过程中个，出RNApolI外还有两类转录子：1、核心结合因子，在人类称SL-1，在其他生物称TIF-IB。其对RNApolI结合启动子是必须的。2、UPF结合因子，辅助SL-1结合启动子。
在类型III基因转录过程中，需要TFIIIA、TFIIIB和TFIIIC。
TFIIIA是一种锌指结构，可以使酶停靠在DNA扇上；TFIIIC促使TFIIIB以其TBP结合于A框上游并与TFIIIC作用；TFIIIB促使RNApolIII结合到正确的碱基序列
成TFIIIB-TFIIIC-DNA复合物。
对于类型II基因的转录，其序列的多样，单靠RNApolII无法完成庞大的转录工作，主要依赖9中转录因子协助形成转录复合体。
RNAPolⅡ，依赖模板合成RNA
TFⅡA 稳定TFⅡD和DNA的结合，激活TBP亚基
TFⅡB 结合模板链（-10～+10），起始PolⅡ结合，和TFⅡE/F相互作用 
TFⅡD TBP亚基识别TATA，将聚合酶组入复合体中，TAFs识别特殊启动子 
TFⅡE 结合在PolⅡ的前部，使复合体的保护区延伸到下游
TFⅡF 大亚基具解旋酶活性（RAP74），小亚基和PolⅡ结合，介导其加入复合体 
TFⅡH 具激酶活性，可以磷酸化PolⅡC端的CTD，使PolⅡ逸出，延伸 TFⅡI 识别Inr，起始TFⅡF/D结合
TFⅡJ 在TFⅡF后加入复合体，不改变DNA的结合方式 
TFⅡS RNA合成延伸
以下为文字简介 除了最后一段外，可以不看
TBP作为第一个和DNA接触的因子被看成是一种RNA pol Ⅱ结合的因子，使启动子转录，它起到介导的作用。由于TATA框离转录起始位点的距离是固定的，识别它对RNA聚合酶来说是重要的。TBP在启动上对各种聚合酶所起的一个相同的作用是将它们组入转录复合体中。
TFⅡA含有几个亚基，当它加入复合体中时，TFⅡD所保护的DNA区域就延伸更上游的区域。它可能通过解除TAFs的阻遏作用而激活TBP，它的参与使TFⅡD和TATA框结合得更稳定
TFⅡB它在起始点邻近区域，从-10到+10可以部分地保护模板链在TATA框下游与DNA松散结合。形成复合物，和DNA双链结合是不对称的，它还可以使TFⅡE/ⅡF相互作用。
TFⅡF含有2个亚基，大亚基RAP74，具有ATP依赖性DNA解旋酶活性，它和起始时DNA链的熔解有关。它的小亚基是RAP38，和细菌的σ因子有部分同源，紧密地和RNA pol Ⅱ结合。介导polⅡ和其它蛋白结合转录成复合体。TFⅡF-polⅡ和复合体连接时，与TFⅡB的相互作用是重要的。RNA PolⅡ结合位点在模板链上达到下游+15，在非模板链上达到+20，其长度贯穿了整个复合体 ，上游也被其保护了。 TRⅡE结合在pol的前部，使复合体的保护区延伸到下游双链的+30处。
TRⅡH和 TRⅡJ在TRⅡF之后也加入复合体中，但并不改变DNA的结合方式。TFⅡH具有激酶活性，可以磷酸化RNA pol Ⅱ尾巴上的CTD，CTD的磷酸化使polⅡ从转录因子中释放出来，这样就能离开启动子开始延伸。
在没有TATA框的启动子上起始何发生呢？这种起始同样需要一些基本的转录因子，其中也包括TFⅡD。TFⅡD可能带有一个或多个TAFs来直接识别Inr，并与之结合。Inr序列可能作为一种位置元件，让转录因子结合于其上，且锚这种复合体。TFⅡD看来必须以某种其它方式进入复合体而不结合在TATA框上。在这些启动子上TBP的功能很象在pol的启动子上和polⅢ的内部启动子上。
很多的基本因子含有多种亚基，可能涉及到约20多种肽，从此可以看出RNA Pol的起始是涉及到非常大的复合体。真核的polⅡ只有在起始因子和DNA结合后才和启动子结合。这些因子的作用类似σ因子，使聚合酶识别启动子上的特殊序列。