生理性病害：是指由于不适宜的环境条件而引起的农产品代谢异常、组织衰老以致败坏变质的现象（褐变、黑心、斑点、组织水浸状等），统称为生理病害或生理失调（生理紊乱），不是由病原微生物的直接侵染所致，故又称非侵染性病害。如：冷害、冻害、CO₂伤害、SO₂伤害。
（1） 低温伤害：冷害、冻害。
（2） 气体伤害：包括低O₂伤害、高CO₂伤害、SO₂伤害、 NH₃伤害。
低O₂伤害：气调贮藏时，由于O₂调节和控制不当，造成O₂浓度过低而发生无氧呼吸，导致乙醛和乙醇等挥发性代谢产物的产生和积累，毒害细胞组织，使产品风味和品质恶化。低氧伤害的主要症状是农产品褐变，软化，不能正常后熟，产生酒精味和异味。一般农产品气调贮藏要求O₂ 浓度不低于2%~5%，热带、亚热带水果不低于5%~9%。
高CO₂伤害：贮藏环境中CO₂过高而导致的农产品生理失调称为高CO₂伤害。高CO₂伤害的症状与低O₂伤害相似，最明显的特征是农产品表面或内部组织或两者都发生褐变，出现褐斑、凹陷或组织脱水萎蔫等。一般农产品气调贮藏要求CO₂浓度不应超过2%~5%。高CO₂伤害的机制主要是抑制了线粒体中琥珀酸脱氢酶的活性，对末端氧化酶和氧化磷酸化也有抑制作用。
（3）营养失调：缺乏矿质元素所致。如苹果缺钙会造成苦痘病，缺硼会引起果实内部木栓化，番茄缺钾会抑制番茄红素的合成，从而延迟番茄的成熟。
（4）农药毒害。