对冷却水系统中微生物的控制一般采用以下几种方法：
（1）加强原水前处理，改善补水水质。
对原水进行前处理（预处理）非常重要。尤其在使用在表水时，水中微生物会计师很高，使用混凝，澄清方法，不仅可降低浊度，而且可使细菌总数减少很多。
（2）投加杀虫剂。
杀虫剂的投加，对于抑制微生物是很有效的。杀虫剂常以各种方式杀伤微生物，可以穿透细胞壁，破坏维持生命的蛋白质基因，导致细胞迅速死亡，最终使微生物被杀死。
（3）采用过滤方法。
补充水进入冷却水系统前，可经过过滤池过滤，除去水中藻类等悬浮物，使循环水的浊度降低。