（一）蛋白质的疏水性
疏水区占总表面的比例越大，疏水性越强。
（二）疏水相互作用
蛋白质疏水部位与疏水配基产生亲和作用。
相似相溶。
（三）利用疏水相互作用分离物质
无机盐能使蛋白质疏水区与介质疏水基团相互作用力增强。
（四）特点
分离条件温和、不损伤蛋白质活性、分离效率高以及柱容量大等优点。
载体：
多糖（琼脂糖）
硅胶（表面包被高分子材料）
配基：
配基通过非离子键与基质结合。
具有弱疏水性，烷基和芳香基常用。
配基碳链长度在C4-C8之间。