五行学说运用五行生克制化理论来说明脏腑生理功能的内在联系，即五脏之间存在着既相互资生又相互制约的关系。①以五行相生说明五脏之间的资生关系。如肝生心即木生火，肝藏血以济心，肝之疏泄以助心行血等。
②以五行相克说明五脏之间的制约关系。如肾制约心即水克火，肾水上济于心，可以防止心火之亢烈等。
③以五行制化说明五脏之间的协调平衡。五脏中的每一脏都具有生我、我生和克我、我克的生理联系。五脏之间的生克制化，说明每一脏在功能上因有他脏的资助而不至于虚损；又因有他脏的制约和克制而不至于过亢；本脏之气太盛，则有他脏之气制约；本脏之气虚损，则又可由他脏之气补之。如脾土之气，其虚，则有心火生之；其亢，则有肝木克之。