朱丹溪所论的火证，主要是内火，他认为火证的临床表现甚多，如诸热瞀瘛，躁扰狂越等，治疗方面，丹溪大体分为实火、虚火和火郁。“实火可泻”，用黄连解毒汤之类苦寒直折属正治法；“郁者发之”，选用升阳散火汤；“虚火可补”凡中气不足者取法于李东垣，味用甘寒；若阴虚火旺，丹溪创用滋阴泻火法，在处方用药上，有补阴精，益阴血之分。凡阴精不足而相火亢盛者，用大补阴丸；阴血虚亏，相火旺盛，则以四物汤加知母、黄柏。朱氏的滋阴降火法，补充了刘河间纯用清热泻火之不足，又在东垣的气虚发热外增添了阴虚火旺的证治，对后世影响很大。
对于痰证，朱氏认为情志忧郁、饮食厚味、外感无汗、滥用补剂，都可使气血失常，清化为浊，结为老痰宿饮，关键在于脾虚、湿滞、气郁、火炎。痰之为病，变化多端，症状不一，可致咳嗽、呕利、眩晕、惊悸等症。治疗上丹溪认为当分标本，“实脾土，燥脾湿是治其本”，在此基础上化痰，又须考虑治气，朱氏以二陈汤为治痰的基本方，具体用药上，又根据痰的不同性质、不同部位，以及人的体质情况而选择用药。
所谓“郁”为滞而不通之义。朱氏认为凡情志内伤、六淫外感、饮食失节等因素都可使人体之气郁滞不通，从而产生郁证，包括气郁、湿郁、痰郁、血郁、食郁，总称“六郁”。可单独发病，也往往相因致病，但以气机的通畅与否为主要关键，往往因气郁而影响到其他，丹溪创制越鞠丸统治诸郁，其法为后世所宗。