思想政治教育方法论的理论基础包括哲学基础和学科理论基础两方面。
（1）辩证唯物主义和历史唯物主义，是思想政治教育方法论的哲学基础。马克思主义哲学是无产阶级世界观和方法论的理论体系，是马克思主义全部学说的基础，是所有各门具体科学的指导思想。马克思主义哲学为思想政治教育方法论所提供的理论指导是全面的、系统的。唯物辨证法为思想政治教育方法论提供了最基本的思想方法、工作方法和科学研究方法；马克思主义哲学的具体原理也为思想政治教育方法论的理论研究与发展提供了理论指导。
（2）思想政治教育学原理是思想政治教育方法论的学科理论基础，体现在三个方面：其一，思想政治教育学的基本理论，是思想政治教育方法论的理论基础；其二，思想政治教育学的原则，是思想政治教育的原则方法；其三，思想政治教育学原理所提出的教育目标和教育内容，决定思想政治教育方法。