粮食发热与粮食霉变是相互关联，而不是孤立的过程，对储粮的危害也是多方面的。
（1）营养品质降低：由于微生物的作用，粮食营养物质被消耗，导致各种营养物质含量下降，营养品质降低。
（2）种用品质降低：粮食发热霉变后，胚部被微生物感染，导致生活力下降发芽率降低，甚至失去种用价值。
（3）工艺品质和使用品质变劣：粮食发热霉变后，出粉（米、油）率降低，容重、硬度下降（小麦、大豆）。小麦粉制作面包后，面包发粘、酸，而且体积小、质构差。大米蒸熟后硬度增加，粘度降低，糊化温度升高。
（4）引起粮食变色变味：这些特殊的异味（霉、酸、酒、臭味）很难除去。
（5）引起粮食带毒：粮食发热、霉变后，微生物生理活性增加，某些微生物（如黄曲霉）分泌的真菌毒素是粮食带毒，其中许多是致癌物质。