（1）初期PH下降（菌体生长缓慢）：
①初脲不够。应提前酌情流加；
②跑尿出现，可能是因为温度过高，尿素形成双缩脲。或培养液中的NH₄⁺分解成NH₃跑出。或NH₄⁺被结合成其他物质；
③培养基中磷酸盐浓度过高，代谢平衡打破，酸性产物积累；
④供氧不足。可能是因为通风不足，泡沫塞住尾气管，压强升高，使进气管的空气流速下降。或搅拌器转速较低，KLa较小，特别是当菌体处在对数生长期时。或发酵罐压力过低。或发酵罐的结构设计不合理，如挡板结构，搅拌桨T/D值，两档的距离。
（2）接种后菌体生长不良，OD值偏低，耗糖速度慢。（使发酵周期变长，菌体活力低，糖酸转化率偏低）：
①菌体感染Phage；
②培养基缺V_H， 缺磷酸盐，或存在抑制性物质——如淀粉水解产生：龙胆二塘，5〃-羟甲基糠醛。或灭菌时尿素变成双缩脲；
③通风量过大，氧气溶解水平反而不高，菌体耗糖速度低（能荷）；
④菌种不良，种子衰老或接种温度过高，菌体被烫死；
⑤前期通风少，PH偏小，累积酸性代谢物，不利菌体生长。
（3）中后期，OD值上升，耗糖快，产酸低（只长菌不产酸）：
①V_H（玉米浆）过高，生长型到产物型转变不利，应维持亚适量；
②可能是感染杂菌（镜检可初步判断）。
（4）中后期，耗糖快，产酸低或不产酸：
①感染杂菌；
②供氧不足，酸产物积累；
③VH过高，磷酸盐过高。
（5）泡沫太多—因此发酵罐装液量在 70％以下，酶制剂在50％（影响传热，易跑液染菌，损失发酵液等：
①淀粉质量差，杂质多（Pr）；
②糖化不完全，糖化液含有糊精（泡沫稳定剂）：酶剂添加量不合理或PH调节不合理；
③糖化工艺不合理，形成的复合物（焦糖，美拉德反应物）多；
④感染杂菌，杂菌生长速度快，产生的大量CO₂与其他物质形成复合物；
⑤感染Phage，菌体破裂，Pr等物质释放；
⑥消泡剂选择不合理或用量过少。
（6）菌体产酸后，GA产量又下降：
①PH过高，GLn合成酶活性加强，使GA+NH₄⁺——>谷氨酰胺 的反应右移，谷氨酰胺的存在不利于GA的沉淀分离；
②感染杂菌，GA被作为C源、N源分解利用。
（7）GA浓度急剧增加（在分离提纯时，杂质多，等电点法，离心法难以结晶）：
感染phage，菌体裂解。   PI=3.22，冷冻沉淀  离子交换柱。