1、筛选对抗生素具有抗性的突变株。
由于许多抗生素生产菌都对其所产生的抗生素敏感。所以通过逐步提高培养基中抗生素的浓度，可以筛选到对高浓度抗生素具有抗性的突变株，这说明突变株的抗生素生物合成调节机制已经发生了变化。这种突变株可能就是抗生素的高产菌，如果暂时还不是，则可以作为进一步诱变育种的出发菌。
2、筛选菌体形态变异的菌株。
经验表明，高产菌株的菌落形态往往与出发菌有明显不同。当然菌落形态变化的菌株不一定就是高产菌，有些还可能是非产生菌。但即使是非产生菌，也不要轻易丢掉，它们可以用于抗生素代谢机理的研究或作为进一步诱变育种的出发菌。
3、筛选非生产突变菌的回复突变的菌株。
经诱变处理后，非生产突变株的鉴别和分离比较容易，如果该突变株产生抗生素能力的丢失是由于调节机理的改变而引起的，则经过再次诱变处理后，很可能会发生回复突变而成为抗生素高产菌。
4、筛选选择性脱毒的菌株。
某些化学试剂，主要是铜、铝、汞等金属离子，这些金属离子对抗生素产生菌有毒，会抑制菌的生长。但它们能够与抗生素结合形成稳定的络合物，络合物无毒，因此不会影响菌体的生长和代谢。根据以上原理，如果将诱变处理后的菌种接种到含金属离子培养基的平板上进行筛选，那些不产生抗生素或产量不高的突变株的生长将受到抑制，而抗生素高产菌由于能大量生产抗生素，而抗生素又能与培养基中的金属离子形成无毒的络合物，就能够在该平板上生长良好。
5.筛选出添加生物合成前体后能提高抗生素产量的突变株。
有时，抗生素产生速率的限制步骤是其生物合成前体的生产，这种前体往往是一种初级代谢产物，因此在培养基中添加这种前体物质就能大大提高抗生素的产量，在此基础上还能进一步筛选到对该前体的类似物具有抗性的突变株，或解除前体生物合成途经中反馈抑制的突变株以提高前体的生成速率，满足抗生素生物合成的需要。