按抗生素的来源分类：现有的抗生素中大约80％左右的是由微生物产生的。
细菌产生的抗生素：多粘菌素、枯草菌素、杆菌肽等多肽类抗生素。
真菌产生的抗生素：青霉素、头孢霉素、灰黄霉素。
放线菌产生的抗生素：链霉素、卡那霉素、四环素、土霉素等。
植物和动物产生的抗生素：吴耳酸、小球藻素、大蒜素、鱼素等。
根据抗生素的作用机制分类
抑制细胞壁合成（Cell Wall Synthesis）：青霉素、多氧霉素
抑制细胞膜功能（Cell Membrane Damage）：多烯类抗生素（碱性多肽类、两性霉素）
抑制蛋白质合成（Protein Synthesis）：四环素、链霉素、氯霉素
抑制核酸合成（Nucleic Acid Synthesis）：丝裂霉素、灰黄霉素、利福霉素