（1）纯度高、稳定：生产菌种纯度高，不易变异退化，以保证发酵生产和产品质量的稳定性。
（2）易培养：菌种可以在要求不高，易于控制的培养条件下（糖浓度、温度、pH值、溶解氧和渗透压等）迅速生长和发酵。
（3）周期短：菌株生长速度和产物生成速度应较快，发酵周期较短。
（4）来源广泛：菌种能在廉价原料制成的培养基上迅速生长和繁殖，并且生成所需的代谢产物产量要高。
（5）产物单一。
（6）不易被感染：选择一些不易被噬菌体感染的菌株。
（7）非病源菌：不产生任何有害的生物活性物质（包括激素和毒素等），以保证安全。