（1）细菌表达系统培养方法简单、增殖快、生产成本低，但缺乏真核细胞特有的加工后处理，外源蛋白大量表达容易形成包涵体，而且在菌体中表达的外源蛋白，在原核细胞中不稳定，易被菌体蛋白酶破坏。
（2）酵母表达系统既具有原核细胞的增殖快、操作简单、成本低等优点，又可以象其他真核细胞一样完成对蛋白质转录和翻译后的修饰。但它的蛋白水解酶类，可降解异体蛋白质，使产品产量降低。
（3）昆虫表达系统优点是能较高水平地表达不同动物来源的基因，能够有效地进行蛋白质翻译后的加工。主要缺点是不能连续合成重组蛋白，因为重组病毒感染昆虫细胞或昆虫幼虫4-5天后，细胞就裂解，幼虫即死亡。
（4）哺乳动物细胞是生产哺乳动物蛋白质最好的场所，其表达真核基因比其他几种表达系统更优越，能对蛋白质进行各种类型的加工和修饰，还能表达有功能的膜蛋白及分泌性蛋白。其缺点是组织细胞培养的技术要求高，培养和筛选细胞株的周期长，成本较高。

1.复制起始点
2.选择性基因
3.强的、可诱导的启动子
4.强的转录终止序列
5.核糖体结合位点
6.合适的多克隆位点

（1）定点突变或化学修饰法
（2）拼接组装设计法
（3）从头设计全新蛋白质