①时间上：古今字中古字和今字在产生时间上有先有后，二者之间属“历时”关系；而本字与通假字是一种“共时”关系，是同一时期读音相同或相近的互相替代现象。
②意义上：古今字在意义上彼此有联系，今字意义往往是古字众多义项中的一项；本字和通假字的意义没有联系。
③在形体上：今字往往以古字为基础，增加区别意义的形符或声符。如“县”和“悬”，“悬”是在“县”字基础上产生的区别字，是“县”的分化字，二者是古今字关系。如果说它们是通假关系，则是颠倒了它们之间的先后顺序。