微机继电保护抗干扰的措施从硬件和软件两个角度进行。硬件措施采取的是采用隔离，即切断电磁干扰传播的途径；屏蔽，即阻隔来自空间电磁场的辐射干扰；接地，采用信号接地，尽量减少共模干扰；采用功率接地，将电源回路串入的以及从低通模拟滤波回路耦合进的各种干扰信号滤除；采用屏蔽接地，将保护装置的外壳以及电流、电压变换器的屏蔽层接地，以防止外部电磁干扰以及从输入回路窜入的干扰。为保障人身安全和静电放电，通常将微机保护的外壳接地，称为安全接地。
软件措施是：①进行对输入数据进行检查，对各路模拟量输入通道，只要提供一定的沉余通道，即使由于干扰造成错误的输入数据，也可能被计算机排除；
②对计算结果进行核对。为防止干扰可能造成的计算出错，可以将整个计算进行两次，对计算结果进行核对，比较两次积计算结果是否一致；
③出口闭锁，当CPU停止工作，但是不能保证它不在出轨后取得一个非预期的操作码正好是跳闸指令而误动作。这种情况可以采取设计出口跳闸回路的硬件应当使该回路执行几条指令后才能输出，不允许一条指令就出口。
软、硬结合抗干扰措施。如下：
（1）软、硬件结合的程序异常复位措施。即“Watchdog（ 看门狗）”技术。
（2）关键输出口编码校核。使用软件编码，经硬件解码才能启动出口驱动电路。
（3）软、硬件沉余技术。