环节动物论：认为脊索动物起源于环节动物。
1、认为脊索动物起源于环节动物，因为都是两侧对称、分节、封闭式的循环系统。
2、棘皮动物论：认为脊索动物起源于棘皮动物。
认为脊索动物起源于棘皮动物，这是基于胚胎发育，棘皮动物胚胎发育过程中属后口动物，同时以体腔囊法形成体腔，与一般无脊椎动物不同，但与脊索动物相似。
3、演化
推测脊索动物的祖先是一种蠕虫状的后口动物，它们具有脊索、背神经管和鳃裂。出现于地质年代古生代的早期，距今约有5亿年左右，这种动物称为原始无头类。原始无头类有两个特化的分支：一支进化为尾索动物和头索头动物；另一分支进化为原始有头类，原始有头类向两个方向发展，一支进化为比较原始，没有上、下颌的无颌类（甲胄鱼、圆口类）；另一支进化成具有上、下颌的有头类，即为鱼类的祖先。

身体两侧各有一条，与鱼体背部轮廓大体平行的一条线，由皮内侧线管开口于体表侧线鳞上的小孔连接而成。一种水流的感受器。

由真皮演化而成，大多数硬骨鱼类具有。略呈圆形，前端插入鳞囊内，后端游离，彼此作覆瓦状排列，有利于增加躯体的灵活性。

由真皮演化而成，也较原始，见于鲟鱼和雀鳝等。呈斜方形，成行排列，不呈覆瓦状，在一定程度上影响了鱼体活动的灵活性。

由表皮和真皮共同形成。软骨鱼类特有。原始，全身分布，斜向排列，使全身表面显得粗糙。