A.引物设计：引物长度、碱基配对是否严格、GC%含量、退火温度、引物浓度与纯度、稳定性、是否为简并性引物等；
B.使用热启动：在变性完成之后再加入DNA聚合酶（或聚合酶才有活性），这样可以提高特异性，因为DNA聚合酶在低温时也有活性，可能引起非特异的扩增；
C.镁离子浓度：不同的模板和引物有不同的镁离子浓度，应进行预实验进行探索；较高的镁离子浓度会提高产量，同时降低特异性；dNTP浓度较高时应适当提高镁离子浓度；
D.促进PCR的添加剂：降低DNA熔解温度，从而有助于引物退火并辅助DNA聚合酶延伸通过二级结构区，可提高特异性和产率；
E.使用巢式PCR：降低扩增多个靶位点的可能性，提高特异性。