A.变性：双链DNA变成单链DNA。变性温度的高低由G+C含量决定；变性时间由DNA链长度决定。常规PCR变性条件为94～95度45s。
B.退火，将温度下降至适宜温度，使引物与模板DNA退火结合；退火是使引物和模板DNA复性。复性过程采取的温度（Ta）至关重要。复性温度过高，引物不能与模板很好地复性，扩增效率很低；复性温度太低，引物将产生非特异性复性，导致非特异性的DNA片段的扩增。退火温度通常在比理论计算的引物和模板的熔解温度低3～5℃的条件下进行。
C.延伸：寡核苷酸引物的延长，一般在耐热DNA聚合酶的最适温度下进行。对于Taq酶，为72～78度。
D 循环数：PCR扩增所需的循环数取决于反应体系中起始的模板拷贝数以及引物延伸和扩增的效率。
一般扩展条件：94℃60s 37℃60s 72℃120s，共25-30个循环。