基于结构的药物设计（Structure-based drug design） 又被称为直接药物设计法，它最基本的要求是清楚的知道作用受体的三维空间构型。根据受体受点的形状和性质要求，直接借助计算机自动构造出形状和性质互补的新的配基分子的三维结构。基础是受体受点与配基之间的互补性。
直接药物设计法存在的问题有：
①人体结构复杂，大部分受体结构不知道；
②测试水平和晶体获得受到一定的限度，现在能够获得的三维结构有限；
③受体是嵌在细胞膜上的蛋白结构，当从半流态的细胞膜上分离出来以后，脱离原来的环境，其空间结构排列发生很大的变化，很难得到真实的三维空间结构。被成为直接药物设计。
基于配体的药物设计，又被称为间接药物设计法，是指在受体结构未知的情况下，利用计算机技术对有活性的各种类型生物活性分子进行计算分析，得到三维构效关系模型，通过计算机显示其构象推测受体的空间构型，并以此虚拟受体进行药物设计，这种方法犹如量衣裁新衣订做服装。