基团模型法设计药物的具体步骤如下：
Step1.活性化合物的选择及药效特征元素的定义：
收集一系列与靶点受体具有高亲和性的配体，选定药效团元素。尽可能的结构多样化，每一个化合物的药效团元素数目应相同，若所有化合物中药效团元素相同更好；化合物的结构刚性大一些，即构象数目相对少一些；选用的药物分子应具有尽可能多的结构多样性；所选的分子活性应尽可能的高一些；应具有准确的生物活性。
Step2.构象分析：
对该系列的每个化合物进行构象分析，得到某一能量范围内的构象，这个能量范围一般由经验确定，在Catalyst 中，缺省条件下，构象分析保留和最稳定构象能量差在20Kcal以内的所有构象。注意构象过多会给叠合造成一定的困难，应对保留的构象有一定的限制。
Step3.分子叠合与药效团映射（Pharmacophore mapping）：
将构象进行叠合已得到共同的药效团模型。分子叠合是药效团识别过程中的关键，刚性较强的分子，活性构象接近于最低能量构象，可直接使用优化后的分子作为活性构象进行分子叠加；分子叠合的前提是建立药效团模型所需的分子和受体之间具有相似的作用机制，否则难以得到有效的药效团模型。
药效团识别中，最常用的方法是最小二乘叠合（Least Squares Superimposition， LSS）方法，将药效特征元素作为叠合点，计算测试分子和参考分子叠合点间位置的均方根偏差（rms）―利用LSS调整测试分子的位置，使rms最小。后来人们又将模拟退火和遗传算法等引入到分子叠合中是结果与实际更加吻合。
Step4.药效团模型的修正：
经分子叠合得到的药效图模型不一定是最优的，往往需要根据自己的经验和其它试验或计算结果对药效团模型加以修正。