间接药物设计法的基本原理：在受体结构未知的情况下，利用计算机技术对有活性的各种类型生物活性分子进行计算分析，得到三维构效关系模型，通过计算机显示其构象推测受体的空间构型，并以此虚拟受体进行药物设计；这种方法犹如量衣裁新衣订做服装。
在未知靶蛋白三维结构的情况下，可运用计算化学手段（分子力学、分子动力学和量子化学）来计算分子各种构象的相对能量，并采用系统搜寻和几何距离等方法进行构象分析，寻找出一系列化合物中共同的药效基团，并确定药效基团的距离、键角和二面角、氢键作用位点和疏水作用区，从而建立这类化合物的药效基团模型（pharmacophore）运用该模型可反推出受体受点的结构，再由其进行设计，并可预测新设计化合物的生物活性。
间接药物设计的方法主要包括以下三种：
1.3D-QSAR法是将药物的理化参数和三维结构参数与药效拟合出定量关系，再依此关系设计新的化合物；
2.药效团模型法（pharmacophore modeling）是对一系列活性化合物作3D-QSAR分析研究，并结合构象分析总结出一些对活性至关重要的原子和基团以及空间关系，反推出与之结合的受体的立体形状、结构和性质，推测出靶物质的信息。得到虚拟受体模型，再依次来设计新的配基分子；
3.基于药效团模型得三维结构搜寻方法（pharmacophore based three-dimensional Structure searching）是以药效团模型为搜寻标准来搜寻小分子三维结构数据库，得到新的配基分子。