内脏运动神经和躯体运动神经比较，在形态结构和生理功能上有下列差别：
1）躯体运动神经支配骨骼肌、管理随意运动，受意志控制。内脏运动神经支配平滑肌、心肌和腺体、管理不随意运动，不受意志支配。
2）躯体运动神经自脑干和脊髓的中枢发出后达骨骼肌，不换神经元，为有髓神经纤维。而内脏运动神经自脑干和脊髓的中枢发出后，要在周围的内脏神经节交换神经元，再由节内神经元发出纤维到达效应器，因此内脏运动神经从脑干和脊髓的中枢到支配的器官有两个神经，为无髓神经纤维。