1.真核生物DNA合成只是发生在细胞周期中的S期，原核生物DNA合成过程在整个细胞生长期中均可进行。
2.真核生物染色体复制则为多起点的，而原核生物DNA复制是单起点的。
3.真核生物DNA合成所需的RNA引物及后随链上合成的冈崎片段的长度比原核生物的要短。
4.在真核生物中，有α、β、γ、δ和ε5种DNA聚合酶，δ是DNA合成的主要酶，由DNA聚合酶α控制后随链的合成，而由DNA聚合酶δ控制前导链的合成。既在真核生物中，有两种不同的DNA聚合酶分别控制前导链和后随链的合成。在原核生物DNA合成过程中，有DNA聚合酶I，DNA聚合酶II和DNA聚合酶III，并由DNA聚合酶III同时控制两条链的合成。
5.真核生物的染色体为线状，有染色体端体的复制，而原核生物的染色体大多数为环状。

1、遗传多态性高
2、检测手段简单快捷，易于实现自动化
3、遗传共显性，即在分离群中能够分离出等位基因的3种基因型