对感染性疾病的诊断应根据临床医生的临床经验以及必要的病原学检查和细菌敏感性试验结果。一份完整的诊断应包括感染的部位或器官、可能引起感染的细菌以及病源微生物对药物的敏感性。病原学的检查结果和细菌药敏试验都是选择药物的重要依据，这对败血症、感染性心内膜炎以及免疫缺陷患者合并感染时的选药用药尤为重要。不同抗菌药物有不同的抗菌谱、作用特点和适应证，临床应避免无指征或在指征不明确的情况下应用抗菌药。在作用基本一致的抗菌药中，应尽量选用毒副作用小的药物。对一般感染，宜单一用药。一般而言，不同器官感染的致病菌不同，诊断时应予以注意。例如：
（1）肺部感染早期通
常由肺炎球菌和流感杆菌引起，继发感染则常为大肠杆菌和铜绿假单胞杆菌所致，有肺脓肿时，应考虑厌氧菌感染。
（2）泌尿系统感染的致病菌约80％为大肠杆菌。
（3）女性生殖系统感染常由链球菌或厌氧菌引起。
（4）肠道感染的致病菌以大肠杆菌、沙门氏菌属和厌氧菌最为常见。
（5）软组织损伤后的感染、疖、痈，及其扩散到骨、关节的感染以金黄色葡萄球菌为主。
（6）乳腺炎或乳腺脓肿，需考虑是否为金黄色葡萄球菌感染。诊断时还应要考虑是否为院内感染。院内感染通常具备以下特点：G（-）菌感染率高（可达50％～60％）；耐药金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞杆菌、克雷伯杆菌、沙雷菌等多见；某些细菌对常用抗
菌药已产生耐药性；患者抵抗力低下。