苹果榨汁后，苹果汁较混浊，这主要是因为糖果胶包裹蛋白质分子而形成的。添加入果胶酶将混浊离子外层的果胶分解，在pH3.6的条件下，蛋白质带正电与果汁中其他带负电的离子相结合沉淀下来，则果汁澄清。
果胶酯酶它水解果胶物质的甲基酯化半乳糖醛酸单位，将果胶分解成半乳糖醛酸酶和果胶酸，脱甲基果胶在二价钙离子存在的条件下相互结合形成凝胶，使果蔬的质构变硬。