新制度经济学的主要贡献在于：
① 提出“交易费用”的核心概念并使之一般化。“交易费用”的概念最早起源于科斯1937年的经典论文《企业的性质》，他支出，市场交易中发现价格、议定和约、监督履行等成本的广泛存在使得以企业作为市场的替代物更有利可图。企业的性质是以相对稳定的长期契约来替代市场的另一种制度选择，企业之所以存在就是由于它通过内在市场交易而节省了交易成本。之后，威廉姆森在科斯研究的基础上，对公司理论与市场问题，经济纵向一体化等问题的深入研究，建立起了交易费用经济学的理论框架，成为新制度经济学发展的重要分支；
②把制度作为内生变量来研究，批判地继承新古典经济学。新制度经济学补充和修正了新古典的经纪人假设和稀缺性假设（即不完全理性人假设，不完全信息、制度稀缺等），以制度为研究对象，使经济学对现实经济生活的解释力增强，并发展了交易费用理论、企业理论、产权理论、制度和制度变迁理论、意识形态理论、产业组织理论和政府管制理论，在一定意义上恢复了古典经济学的“政治经济学”传统，奠定了“新政治经济学”的牢固基础；
③注重案例研究，从“黑板经济学”（传统的经济学教育）到“实验经济学”（倡导的从现实的制度分析入手，直面现实的经验实证研究使得人们的视野转向实验经济学和行为科学）。