新生儿上颌骨骨髓炎发病急、病情重、全身症状变化快，在治疗上应采取积极而有效的措施。临床上首先应用大量有效抗生素，同时应注意患儿全身情况变化，给予必要的对症及支持疗法，并根据细菌培养及药物敏感试验结果调整抗生素。
一旦眶周、牙槽骨或跨部已形成脓肿，要及早切开引流。如果全身中毒症状明显局部虽未进入化脓期，必要时施行早期切开引流，也可获得缓解全身中毒症状及防止局部感染继续扩散的效果。新生儿上颌骨骨髓炎急性期如果处理得当，可得到治愈，而不转入慢性期。新生儿上颌骨骨髓炎常有疫孔排脓，换药时，最好用青霉素等抗生素溶液冲洗，效果较好。口内有疫孔者应注意防止脓液误吸引起肺部并发症。
如病情转入慢性期，已形成死骨，但全身症状好转，局部肿胀基本消退，死骨清除术亦不急于进行，因新生儿或婴幼儿上颌骨骨壁较薄，骨质松软，死骨均较小，可随脓液从瘘孔排出而自愈。如果牙胚受炎症侵入而坏死，不能从瘘道排出时，可略扩大创口取出坏死牙胚，但未感染的牙胚要尽量保留。
如死骨较大不能排出，手术摘除时也要尽量保守仅摘除已分离的死骨，否则会加重颌骨破坏，影响颌骨发育，遗留颌面及牙颌系统畸形或咬合功能紊乱。新生儿上颌骨骨髓炎治愈后，面部及眶周遗留的原痕畸形，可待适当时机进行二期整复手术。