患儿发病突然，全身有高热、寒战、脉速、啼哭、烦躁不安，甚至呕吐；重者可出现昏睡、意识不清等症状。白细胞计数明显增高，中性多核粒细胞增加。
局部症状主要在面部，起始眶下及内毗部皮肤红肿。
以后病变迅速向眼睑周围扩散，出现眼睑肿胀，眼裂狭窄甚至完全闭合。结合膜外翻或眼球外突，提示已发展成为眶周蜂窝织炎。由于新生儿的上颌骨发育未成熟，上颌窦未完全形成，故感染很快波及上牙槽而出现上牙龈及硬腮级膜红肿。感染向外扩散穿破骨板形成骨膜下脓肿。
脓肿扩散后可在眶下区形成皮下脓肿，经切开或自溃流出脓液。有时脓液可从龈缘、胯部及鼻腔自溃溢出，形成瘘管。在脓肿引流后，全身症状可渐缓解，局部症状也逐渐转入慢性。新生儿上颌骨骨髓炎一般很少形成大块死骨，这是因为上颌骨质松软，骨密质较薄而又富有多数营养孔，化脓性炎症容易突骨板向外发展，但常有眶下绿或颧骨的骨质破坏，形成颗粒状死骨从瘘管排出。
如果炎症不能得到及早控制，上颌乳牙牙胚可因炎症损坏而在以后影响牙的正常萌出。需要指出的是，由于新生儿骨质钙化程度低及不能合作因素。
X线摄片在诊断死骨形成上帮助不太大。新生儿上颌骨骨髓炎可导致上颌骨及牙颌系统发育障碍，死骨排出后遗留的骨质缺损，加上眶下区的瘢痕形成，可后遗睑外翻、颧面部塌陷等继发畸形。目前临床上很少能见到新生儿上颌骨骨髓炎，因初发病时大多在产科及小儿科就诊，待转入慢性期后始到口腔颌面外科诊治，那时病员早已渡过新生儿期，故对这类病员亦可称为婴幼儿骨髓炎。