经过滤澄清透明的啤酒仍然是胶体溶液，还含有大分子胶体物质，它们在保存时会发生一系列变化，使胶体溶液稳定性破坏，形成浑浊乃至沉淀。
啤酒的澄清透明是暂时的，而浑浊、沉淀终究将会发生，啤酒之间的差别，仅仅在于稳定时间的长短。
啤酒生产者在生产啤酒时，都把主要精力放在减少成品啤酒中这些不稳定大分子物质上，使啤酒在保质期内始终保持稳定。
但是，这些不稳定的大分子物质也是风味物质，非生物稳定性过长的啤酒并不一定口味最好。
①大分子蛋白质所致的混浊：
1）消毒混浊（又称杀菌混浊、热凝固混浊）：
过滤后澄清的啤酒，经过巴氏消毒，啤酒中立即出现絮状大块或小颗粒（肉眼可见的）悬浮性物质——“消毒混浊”。
主要是啤酒中存在大分子蛋白质或多肽（平均相对分子质量为6万以上）含量高，如大于30mg/L。它们在啤酒消毒时，容易造成水化膜破坏、失去电荷（处于等电点），从而变性、絮凝，又易和多酚物质结合，结果以沉淀物而存在。
2）冷雾浊（可逆混浊）
麦汁和啤酒中存在较多的β-球蛋、δ醇溶蛋白（平均相对分子质量为3万左右）。此类蛋白质在20℃以上可以和水形成氢键，呈水溶性，但在低于20℃下，则和多酚以氢键结合，导致和水结合的氢键断裂，就会以0.1-1μm颗粒（肉眼不可见）析出，造成啤酒失光，浊度上升。
如将此啤酒加热到50℃以上，则和多酚结合的氢键也断裂，又恢复和水以氢键结合，又变成水溶性的，则失光消除，浊度恢复正常，所以，称“可逆混浊”。
3）氧化混浊（永久混浊）
啤酒中若存在较多的大分子蛋白质，在包装以后，保存数周至数月，啤酒中首先出现颗粒混浊，然后颗粒变大，慢慢沉于器底，在器底出现薄薄一层较松散的沉淀物质，而啤酒液中又恢复澄清、透明，其本质是：有巯基的蛋白质氧化聚合，形成带二硫键的更大分子。
总多酚中花色苷、花色素原，也在贮藏时发生二聚、三聚化反应，变成聚多酚。
聚多酚又和氧化聚合的蛋白质结合，它们在啤酒中先以小颗粒析出（混浊），随着存放时间的延长，聚合度愈变愈大，颗粒也随之增大，最后变成较紧密的颗粒，沉于器底。此类混浊是由氧化促进，而且加热啤酒无法消除，所以称“氧化混浊”或“永久混浊”。
可逆混浊也常常是永久混浊的先兆。
4）铁蛋白混浊
若啤酒中含有大于0.5mg/L的Fe²⁺，就容易引起铁蛋白混浊。当啤酒中含铁在0.5-0.8mg/L，过滤啤酒可能是澄清的，但消毒以后，不久就会有褐色至黑色的颗粒出现，此时Fe²⁺氧化成为了Fe³⁺，并和高分子蛋白质结合形成铁-蛋白质络合物。
当啤酒中铁大于1.2mg/L，过滤后啤酒浊度也会在0.7EBC单位以上，消毒以后很快超过1.5EBC单位。
②多酚物质所致的混浊