化学灭菌：甲醛、氯、高锰酸钾、环氧乙烷、臭氧、季铵盐（如新洁尔灭），一般不用于培养基灭菌。
射线灭菌：利用紫外线、高能电磁波或放射性物质产生的γ射线进行灭菌；
干热灭菌：160℃，1h。效果不如湿热灭菌，Q10为2～3，湿热灭菌对耐热芽孢的Q10为8～10。需要保持干燥的实验器具和材料可用此法；
湿热灭菌：利用饱和水蒸气进行灭菌。蒸汽穿透能力强，灭菌效果好；
过滤除菌：利用过滤方法截留微生物。