次级代谢与初级代谢是一个相对的概念，二种代谢既有区别又有联系，它们的区别主要表现为：
（1）次级代谢只存在于某些生物当中，而且代谢途径和代谢产物因生物不同而异，就是同种生物也会因营养和环境条件不同而产生不同的次级代谢产物。而初级代谢是一类普遍存在于各类生物中的基本代谢类型，代谢途径与产物的类同性强。
（2）次级代谢产物对于产生者本身不是机体生存所必需的物质。而初级代谢产物通常都是机体生存必不可少的物质。
（3）次级代谢通常是在微生物的对数生长期末期或稳定期才出现，它与机体的生长不呈现平行关系，而是明显地分为机体的生长期和次级代谢产物形成期两个不同时期。初级代谢则自始至终存在于一切生活的机体之中，它同机体的生长过程基本呈平行关系。
（4）次级代谢产物骨架碳原子的数量与排列上的微小变化，或氧、氮、氯、硫等元素的加入，或在产物氧化水平上的微小变化都可以导致产生的次级代谢产物各种各样。而初级代谢产物的性质与类型在各类生物里相同或基本相同。
（5）机体内两种代谢类型对环境条件变化的敏感性或遗传稳定性上明显不同。次级代谢对环境条件变化很敏感，其产物的合成往往会因环境条件变化而受到明显影响。而初级代谢对环境条件变化的相对敏感性小，相对较为稳定。
（6）催化次级代谢产物合成的某些酶专一性较弱。相对而言催化初级代谢产物合成的酶专一性和稳定性较强。
联系：次级代谢以初级代谢为基础。另一方面初级代谢产物合成中的关键性中间体也是次级代谢产物合成中的重要中间体物质。次级是初级在特定条件下继续发展，避免某一中间产物过度积累产生毒害。都受核内DNA调控。
次级代谢产物的特征：次级代谢产物一般不在产生菌的生长期产生，而是在随后的生产期形成；次级代谢物种类繁多，含有不寻常的化学键；一种菌可以产生结构相近的一族抗生素；一族抗生素各组分的多少取决于遗传与环境因素；一种微生物的不同菌株可以产生多种在分子结构上完全不同的次级代谢产物。次级代谢物的合成对环境因素特别敏感，其合成信息受环境因素的调节；微生物由生长期向生产期过渡时，菌体形态学上会发生一些变化。微生物的次级代谢产物的合成过程是一类由多基因控制的代谢过程。