（1）细胞或菌体种子培养的目的是获得健壮和足够数量的菌体。因此，菌体形态、菌体浓度以及培养液的外观，是种子质量的重要指标。
（2）生化指标种子液的糖、氮、磷含量的变化和pH值变化是菌体生长繁殖、物质代谢的反映，不少产品的种子液质量以这些物质的利用情况及变化指标。
（3）产物生成量种子液中产物的生成量是多种发酵产品发酵中考察种子质量的重要指标，因为种子液中产物产量的多少是种子生成能力和成熟度的反映。
（4）酶活力测定种子液中某种酶的活力，作为种子质量标准，是一致较新的方法。如土霉素生产的种子液中的淀粉酶活力与土霉素发酵单位有一定关系，因此种子液淀粉酶活力可作为判断该种子质量的依据。
培养基、培养温度和湿度、培养时间和冷藏时间、接种量、种子异常分析、确保无杂菌。