取样，增殖培养，纯种分离，筛选，生产性能的测定，毒性实验。
自然界分离新菌种包括四个步骤：采样、增殖培养、纯种分离和性能测定。
1、采样：
a.根据筛选目的，确定采样地点。
b.取离地面5~15cm处的土壤几十克，放入消毒好的袋中记录采样时间、地点、环境情况等，酶母菌和霉菌在腐殖质含量高的土壤中取。
2、增殖培养：如样品中含目标菌较少，应进行增殖（富集）培养，即给混合菌群提供有利于目标菌株生长或不利于其他菌型生长的条件，促使目标菌大量繁殖，便于分离它们。
a.控制碳源，生长因子、盐等
b.控制PH
c.添加抑制剂
d.控制温度
3、纯种分离：增殖培养后还含有杂菌，需进行纯种分离，才能获得纯种，一般是采用单菌落分离法。
a.平板划线法
b.菌液稀释法为避免孢子之间的粘连和吻合，可进行液体培养，玻璃珠，石英砂振荡，或加入0.05%的分散剂
4、生产性能的测定：
a.初筛：进行一些定性或半定量测定
b.复筛：初步进行工艺条件摸索
c.终试验：选出较优菌株1~3株，进行进一步生产性能试验和毒性试验等
5、毒性试验：自然界的一些微生物是在一定条件下产毒的，将其作为生产菌种应当十分当心，尤其与食品工业有关的菌种，更应慎重。据有的国家规定，微生物中除啤酒酵母、脆壁酵母、黑曲霉、米曲霉和枯草杆菌作为食用无须作毒性试验外，其他微生物作为食用，均需通过两年以上的毒性试验