自然变异产生的原因主要有：
①多因素低剂量的诱变效应（如低浓度诱变物质、宇宙短波辐射、微生物自身代谢物质等）；
②遗传的不稳定性（互变异构效应、增变基因、自然死亡基因等）；
③代谢机制的自我调整（向着有利于生长繁殖的方向发展）。
自然变异效率低、进展慢的原因主要有：
①基因突变不能很快取得数量上的优势并在群体中表现，即突变由个体到群体的过程慢；
②变异要通过复制、传代及适宜的环境条件才能体现，即突变由基因型到表型的过程慢；
③环境因素对变异的影响较弱。

主要从以下三个方面来分析：
⑴大批发酵罐染菌
⑵部分发酵罐染菌
⑶个别发酵罐染菌