菌种退化变异的原因：主要是群体中自发变异的负变＞正变。
菌种选育的含义：出发菌株（原种）→纯化（并保藏）→变异→筛选（或再纯化…）→新菌种生理特性的研究→中试、放大。
菌种选育的基本原理：是遗传变异。即根据微生物的遗传变异特性，采用自然选育、诱变育种、代谢控制育种、杂交育种、分子育种等方法，将菌种进一步纯化、改良，以获得优良菌株。
菌种选育的主要方法有：自然选育、诱变育种、代谢控制育种、杂交育种（包括原生质体融合）、分子育种（基因工程育种）。

主要从以下三个方面来分析：
⑴大批发酵罐染菌
⑵部分发酵罐染菌
⑶个别发酵罐染菌